怀孕3个月当然是可以做亲子鉴定的，怀孕亲子鉴定，也叫胎儿亲子鉴定、产前亲子鉴定，是指利用基因技术鉴定胎儿遗传意义上的父亲。当胎儿遗传意义上的父亲是谁不得而知时，产前亲子鉴定可从孕妇羊水、绒毛或静脉血（采取孕妇静脉血为样本的鉴定亦称无创胎儿亲子鉴定）中提取胎儿DNA，通过鉴定胎儿的DNA（脱氧核糖核酸）确认父子关系。
 


根据采集胎儿亲子鉴定的不同，一般怀孕亲子鉴定分为羊水亲子鉴定、绒毛亲子鉴定、无创胎儿亲子鉴定三种。
羊水亲子鉴定：通常在孕期第16周后进行，妇产科医生在B超的监测下从产妇的腹壁内抽出少量的羊水做为鉴定样本。
绒毛亲子鉴定：通常在怀孕第10周-13周进行，抽出绒毛膜细胞组织(最终形成胎盘)的一小部分作为化验的鉴定样本。
无创胎儿亲子鉴定：抽取静脉血相对简单，孕妇怀孕5周以上直到产前，保证卫生的前提下用抗凝管抽取孕妇手臂静脉血10ml左右。
对比传统的羊水及绒毛亲子鉴定，无创胎儿亲子鉴定是无创取样，只采集孕妇静脉血，没有任何的痛苦。而且无创胎儿亲子鉴定采用高通量测序技术，检测13000多个有效位点，准确性极高，所以委托人不用担心鉴定结果的准确性。更重要的是无创胎儿亲子鉴定无感染风险，更无流产可能，保障胎儿的安全，因为只是采取准妈妈的静脉血，是非常安全的，对母子没有任何的伤害。
 
怀孕3个月怎么做亲子鉴定？
孕妇怀孕满5周以上只需要采集好疑父检材，然后可以到亲子鉴定中心现场采集静脉血/工作人员上门采血，采集好就可以缴费办理鉴定了。
孕妇及胎儿检材：无创采集10ml手臂静脉血（外周血）；
男方检材：头发、指甲、牙刷、烟头、血痕、血液、精斑等样本（任选其一即可)。
正常办理无创胎儿亲子鉴定一般5-7个工作日出具结果报告，加急48小时出结果。