亲子鉴定中最特殊的情况就是基因突变，如何不够仔细的话，很有可能会发生亲子鉴定弄错的情况。根据DNA鉴定中心亲子鉴定中心统计发现，目前亲子鉴定案例中仅有2%的情况会出现基因突变，为了应对这种情况，DNA鉴定中心亲子鉴定中心拥有特殊的方法来判断。
 
什么是基因突变？基因突变是指单亲亲子鉴定(父和孩子或者母和孩子)中所检测出的大人和孩子的基因座数据有1-3个不相匹配而无法下结论支持或者排除亲子关系的情况。
 
亲子鉴定基因突变时，如何判断亲子关系？就目前情况来说，有三种情况：
 
1、若是单亲亲子鉴定，首先鉴定机构会要求提供母亲样本，形成三联体亲子鉴定，再计算亲权指数。
 
2、通过计算亲权指数，若亲权指数能够达到99.95%（各地标准有差异），即可肯定亲子关系。
 
3、若亲权指数不能够达到99.95%，这时候鉴定机构一般会要求加测位点来继续进行判定，若加测位点中有三个或三个以上位点不能够成功匹配，则可否定亲子关系。若能够匹配，则继续计算亲权指数，直到大于99.95%为止，可肯定亲子关系。
 
一般在实验室人员缜密地多位点检测的情况下，亲子鉴定并不会因为基因突变发生错误，而目前DNA鉴定中心亲子鉴定中心所遇到的基因突变情况，五一例外的都被发现而且很好的处理了。