很多人以为，父子鉴定和父女鉴定是两种不同的检测。其实从科学原理和操作流程上看，两者本质上是一回事，没有区别。

原理完全相同
亲子鉴定的核心，是检测DNA上的常染色体STR位点。无论孩子是男孩还是女孩，都从父亲那里继承了一半常染色体基因，从母亲那里继承了另一半。
鉴定时，选取几十个常染色体位点逐一比对：孩子的每个位点都能在父母身上找到来源，就支持存在亲缘关系；多个位点对不上，就排除亲缘关系。
这套方法对男孩女孩一视同仁，检测的位点、判断的标准完全一样。
操作流程也相同
父子鉴定和父女鉴定的流程没有任何差别：
父亲和孩子本人到场；
携带有效身份证件原件；
现场核验身份、拍照存档；
采集血痕样本，成年人取指尖血，婴幼儿取足底血；
实验室检测、数据分析、出具报告。
没有因为孩子性别不同而增加或减少任何环节。
那什么情况下会有区别？
只有在做亲缘关系鉴定时，性别才可能影响检测方案。
比如，判断两个人是否来自同一父系，可以检测Y染色体STR——这条路只有男性之间才能走。父子鉴定中，如果孩子是男孩，理论上可以加测Y染色体作为辅助；但如果孩子是女孩，就没有Y染色体，只能走常染色体路线。
不过，常规的父子鉴定和父女鉴定，用的都是常染色体STR，不涉及Y染色体检测，所以完全一样。
总结
父子鉴定和父女鉴定，在科学原理、检测方法、操作流程上完全相同，没有本质区别。 性别不影响常规亲子鉴定的检测方案和结论。需要做鉴定时，按正常流程办理即可，不必纠结孩子是男是女。